Como conseqüência desta degradação, algumas espécies já figuram na lista das espécies ameaçadas de extinção do IBAMA. Outras, como a aroeira e o umbuzeiro, já se encontram protegidas pela legislação florestal de serem usadas como fonte de energia, a fim de evitar a sua extinção. Quanto à fauna, os felinos (onças e gatos selvagens), os herbívoros de porte médio (veado-catingueiro e capivara), as aves (ararinha azul, pombas de arribação) e abelhas nativas figuram entre os mais atingidos pela caça predatória e destruição do seu habitat natural.
Para reverter este processo, estudos da flora e fauna da caatinga são necessários. Neste sentido, a Embrapa Semi-Árido, UNEB e Diretoria de Desenvolvimento Florestal da Secretaria de Agricultura da Bahia aprovaram o projeto "Plantas da Caatinga ameaçadas de Extinção: estudos preliminares e manejo", junto ao Fundo Nacional do Meio Ambiente (FNMA), que tem por objetivo estudar a fenologia, reprodução e dispersão da aroeira do sertão, quixabeira, imburana de cheiro e baraúna na Reserva Legal do Projeto Salitre, Juazeiro, Bahia. Este projeto contribuirá com importantes informações sobre a biologia destas plantas e servirá de subsídios para a elaboração do plano de manejo destas espécies na região.
Na Caatinga vive a ararinha-azul, ameaçada de extinção. O último exemplar da espécie vivendo na natureza não foi mais visto desde o final de 2000. Outros animais da região são o sapo-cururu, asa-branca, cotia, gambá, preá, veado-catingueiro, tatu-peba e o sagui-do-nordeste, entre outros.
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